境内のある現在地は、前面に天竜川、左方に諏訪湖、その向こうに八ヶ岳連峰を望む景勝の地であり、往古より山ノ神信仰の盛んな所であった。

明治十八年(1885年)、地元有志が、この山の祠のそばに不動尊石像を奉ったのが、当地の不動信仰の発祥とされる。明治二十一年、岡谷下町の、林源三郎、小林森太郎、小口百太郎氏らは埼玉県本庄から木造の本尊不動明王を迎え、成田山新勝寺で開眼供養した。
それから和田峠を、徒歩で山越えして、現在地に建てた不動堂に本尊を安置し、商売繁盛・家内安全・諸厄消除･所願成就のお山とした。

不動堂では、岡谷下町伊勢講、山ノ神役員らにより祭事が営まれ、照光寺第二十六世の宮坂宥詠が先達主管となり、観全梶芳老僧が堂守を務めた。

大正五年、立太子記念に全山の公園化が地元で計画され、丘を平らに し、道路を作り、桜を植え、翌年五月十八日、二千八百坪を、成田公園と命名し開園した。
このころから製糸工場は隆盛期を迎え、毎月二十八日の縁日を中心にお山は雑踏を極め､サーカスの興行もあり、動物園を経営する人が出るほどだった。

しかし、同十一年四月二十二日、奥の院を除き全焼の災禍にあう。提灯が原因とされる。本尊だけは御嶽山行者先達でもあった小口百太郎氏によって避難する事ができた。

大正十二年十一月十九日、照光寺第二十七世に晋山した宮坂宥三住職が先達主管に就任。大正十四年五月十五日、再建落慶式が営まれた。
同時に三十六童子と八大童子石像が、本堂裏手斜面に火山岩を配して庭園式に整備安置された（庭師竹柏園）。
このときの資金寄付者は境内の「再建寄付芳名石碑」及び参堂に並ぶ金額・氏名を刻んだ一人一人の石碑によって残されている。

昭和になって成田公園は岡谷市に移管、成田山千二百八十坪は独立して運営されることになった。
昭和二十八年、宗教法人「成田山岡谷教会」として登記され、宗教を超越した岡谷全体の成田山として、市長（林健太郎）が責任役員に選ばれた。

昭和二十九年、本山である成田山新勝寺の大僧正を招き、出開帳が行われた。
ところが、昭和三十六年四月二日、客殿からの出火で再び本堂もろとも焼失。幸い奥の院はこの火災から免れたが、明治以来の不動明王、それに盗難防止に、本堂に移してあった奥の院の大日如来、大師像をも灰にしてしまった。
客殿（八十坪）は間もなく再興、塩尻の永福寺から借り受けた不動明王を仮奉安し、客殿の一室を仮本堂とした。
又同寺より事務長を迎えた。
同師は郷福寺（塩尻市広丘郷原）住職として昭和五十年に転出するまで務めた。

昭和五十三年十月には、本尊台座、佛天蓋、鐘版、手洗石新設など内 外整備も行われた。
なお、二度目の火災で本尊を失った後の「本尊御下付願」は日時を要した。再建委員・小林公明氏の実弟金市氏が千葉で病院を経営し、同県教育委員長の要職にあったことと、同氏の友人、師岡市郎左衛門氏が成田市の講元であったことから、諸岡氏を通じて新勝寺貫主との接触の道が開けた。

再建委員らの参詣、折衝が繰り返され、最後は明治天皇がお休みになったという菊の紋入りの間で貫主の歓待を受けるという本山最高のもてなしを得たとのことである。こうして新勝寺にて約一ヶ月間、開眼供養、入魂祈願が為された後、小林公明、林鶴亀の両氏が拝受し帰り、昭和四十六年四月二十七日照光寺にいったん安置された。
本堂落慶式の翌二十八日、煙火を合図に林達郎委員長を先頭に稗貫照澄僧上らが行列を整え、木の香におう本堂に着いた。

昭和六十年（1985年）、開山百年を記念して、寺名を成田山岡谷教会より、成田山蓮華不動院と改号した。照光寺副住職（当時）の宮坂宥洪が中島宥性師の退任にともない実務を担当する事となった。

昭和六十二年六月二十八日、宮坂宥洪師が同院の初代住職に就任。晋山式の行列は、講元の山岸卓三氏の自宅から成田町の旧道を通って同院まで練り歩く稚児、御詠歌講を筆頭に数百メートルも続く盛大なものであった。

平成二年、山主、岡谷成田山興隆の発願をするや、たちまちに全市はもとより、近隣の市町村、県内外からも多数の浄財寄進の申し出があり、報恩の大聖業は予想をはるかに超えた驚異的な進展を見せ、同年内に山上の奥の院大日堂の再建が実現した。あわせて大日如来、両祖 大師像を新しく迎え、奉安した。

平成三年、参詣者の急増に対応すべく、本堂に接する脇堂を建立。本堂前の境内を舗装した。加えて、恵那産の特注（田口石材）の御影石にて、特大、大、中、小の玉垣を造立。玉垣には篤信者の名を刻して 参道から境内一円に建立した。その数は四百五基に及ぶ。
奥の院に成田山蓮華不動院の沿革碑を建立し、山容は一変した。